Jungle Gattaca

Un kit portable pour analyser l’ADN en forêt tropicale

Finies les lourdes manips de labo et la paperasse pour obtenir les autorisations de sortie d’échantillons biologiques. Une équipe scientifique développe un kit de terrain pour analyser l’ADN en pleine jungle !

Je suis sûre que vous vous rappelez cette scène d’anthologie dans Gattaca (1997). Uma Thurman, alias Irene Cassini, flottante timide angoissée, se présente à un guichet et demande le séquençage d’un cheveu. En deux deux, depuis un petit kiosque en pleine rue, les résultats sortent. Si à l ‘époque vous avez trouvé cette scène trop creepy, il va falloir vous détendre un peu, c’est la routine, enfin presque… et puis, après tout, vous n’êtes pas une grenouille gabonaise.

L’enfer vert

Le mois dernier, le très chouette site d’informations « tropicales » Mongabay est au rapport pour le retour de mission du projet ExpeditionLab. Une équipe scientifique vient de tester une petite mallette à séquençage en pleine forêt, en République Démocratique du Congo.

Dans leur besace, un extracteur-amplificateur d’ADN et un séquenceur portable, appelé MinION (voir dans Nature). Grâce à ce kit, les chercheurs ne se fatiguent plus à rapporter des échantillons au labo, ils font sur place leur petite cuisine à partir d’un prélèvement d’ADN. Bien malins, ils ont emmené avec eux des extraits de l’énorme base de données GenBank sur disque dur et, en comparant les séquences, ils peuvent identifier une espèce au presse-bouton. Ils trouvent aussi de nouvelles espèces, retracent leur histoire, etc., etc. Les applications vont de l’étude de la biodiversité à l’épidémiologie, dans les endroits les plus galères de la planète. Trop cool !

Bon, il y a encore quelques petits soucis techniques. La haute technologie et la forêt tropicale ne font pas très bon ménage. Même votre Nikon n’a pas survécu à l’humidité lors de vos dernières vacances en Afrique. Alors un séquenceur portable… Les chercheurs ont du installer des ventilateurs ! Et encore, d’après les témoignages recueillis par Mongabay, le plus gros problème reste l’électricité. Il y a le gars qui transporte la petite valise à ADN en sifflotant, et les autres, moins chanceux, qui se trainent des kilo de batteries sous 40°C.

La mission a donc été lourde, d’apprentissages ! Les équipes techniques sont déjà au boulot pour trouver des solutions. Et croyez-moi, ils vont y arriver.

DIY

Arriver où ? est une autre question. Dans ce projet, un détail m’a titillé. Le séquençage dans la forêt c’est génial, ça évite plein de tracasseries. Notamment, l’obtention des permis de recherche. Oups

Personne ne s’en cache, c’est écrit noir sur blanc sur le site du projet. Excusez-moi d’être à cheval sur les principes, mais là, on  piétine allègrement la souveraineté des pays du sud, bravo le respect ! Je ne sais pas si vous êtes au courant, les Etats membres de la Convention sur la Diversité Biologique ont ratifié le protocole de Nagoya (voir biopiraterie on-line).
Et là, tranquille, on ne demande rien à personne. Allons-y gaiement, séquençons les forêts africaines à tour de bras sans l’autorisation des autorités locales !

En plus, n’importe qui pourra bientôt le faire. Le projet, toujours hyper-cool, bien-pensant-on-va-sauver-la-planète-et-aider-les-pauvres, fait dans le DIY avec le développement d’un kit pour tous. Ben voyons…

Source : 

Rugged innovation: Meeting the challenges of bringing high tech DNA analysis to the field, Mongabay, 25 mai 2017

Illustration :

Jungle Gattaca, bricolage Micrologie 2017, inspiré de Rubens et Brueghel l’ancien, Le jardin d’Eden, 1617

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